近两个月写毕业论文去了，鸽了。现在重新开更，一时间也想不出要水点什么，就写一下之前遇到的一个R包安装的小问题吧。

一般安装

不同于其他语言，R有着高度集权的管理体系，至少我目前遇到的几乎所有包都要在cran上找（当然也有从源码安装），并且R语言的IDE基本等价于Rstudio（其他都不够好用）。
文档虽然有很多换皮网站，比如Rdocument和Rdrr，但其内容都是从cran的包简介里面扒的。咳咳，扯远了。。

总而言之，我一直认为R包的安装都是统一的：

1
> install.packages("{PACKAGE_NAME}")

最多就是加入了一些参数：

1
2
# 安装包及其依赖项
> install.packages("{PACKAGE_NAME}", dependencies=T)

而一般的包确实如此，所以安装流程很懒人：

  1. 搜索cran上有没有这个包
  2. 用install.packages安装

特殊情况（以pcalg为例）

然而，从来如此，便对么？
最近我才发现，R包居然确实可以不由cran提供！以pcalg为例：

Imports部分就是其所依赖的部件，而Suggests部分是可选安装的依赖。更具体的：

  • 黑色无链接：表示R语言内置包
  • 蓝色有链接：表示cran上的包，可以通过dependencies=T来安装
  • 青色有链接：表示其他平台的包，需要自行安装

因此，为了安装这样的包，我们需要一个个点进青色链接来手动安装依赖。以上面为例，
graph链接点进去是这个网站，它来自这个叫BiocManager的库。

从第三方库安装，需要仔细查看安装说明。比如BiocManager对于R版本4.1以上/以下具有不同的安装方法。

如果不闻不问，只是一个劲的用install.packages('pcalg')装，那结果只能是一直报错，然后心态大崩。。
（鲁迅先生说得好呀）